Zum Eigentum des Wittelsbacher Ausgleichsfonds zählen berühmte Kunstwerke, die ursprünglich aus dem Privatvermögen des Hauses Wittelsbach stammen.
Zum größten Teil befinden sie sich in den staatlichen bayerischen Museen und Sammlungen und können dort von den Besuchern bewundert werden. Bei der Gründung des Wittelsbacher Ausgleichsfonds im Jahr 1923 einigten sich Kronprinz Rupprecht von Bayern als Chef des Hauses Wittelsbach und der Freistaat Bayern über die staatliche Verpflichtung, diese Kunstschätze zu erhalten, zu pflegen und der Öffentlichkeit zugänglich zu machen. Der Wittelsbacher Ausgleichsfonds als Stiftung des öffentlichen Rechts ist dabei Garant für die ungeschmälerte Erhaltung dieser Kunstschätze in den bayerischen Kunstsammlungen.
Der kleinere Teil der Kunstwerke wird vom Wittelsbacher Ausgleichsfonds selbst verwaltet und der Öffentlichkeit in den stiftungseigenen Schlössern Berchtesgaden und Hohenschwangau und im Museum der bayerischen Könige in Hohenschwangau präsentiert.
Die erklärte Absicht, Kunstschätze aus dem Privatvermögen des Hauses Wittelsbach der Öffentlichkeit zugänglich und damit erlebbar zu machen, wird nach wie vor praktiziert. So stiftete der jetzige Chef des Hauses Wittelsbach, Herzog Franz von Bayern, bereits 1984 den größten Teil seiner Privatsammlung zeitgenössischer Kunst dem Wittelsbacher Ausgleichsfonds mit der Maßgabe, diese in die staatlichen bayerischen Kunstsammlungen zu integrieren. Zur „Sammlung Prinz Franz von Bayern‟ zählen Gemälde, Grafiken und Plastiken von bedeutenden Künstlern wie Georg Baselitz, Joseph Beuys, Jörg Immendorf, Anselm Kiefer und A. R. Penck.